1. Античная мифология, языческие боги и нагота
Савонарола считал интерес Ренессанса к античности чистым язычеством и идолопоклонством. Боттичелли же был главным во Флоренции певцом обнаженного тела и античного мифа.
Мы могли потерять десятки полотен с изображением обнаженных нимф, Купидонов, Аполлона, Вакха. Это были чувственные сцены из древнеримского поэта Овидия, полные эротизма, прозрачных тканей, облегающих женские тела, и языческой безмятежности.

2. «Кощунственные» Мадонны (Святые с лицами земных женщин)

3. Студийные наброски и анатомические штудии
Что там было: Рабочие рисунки углем и сангиной, изображающие мужскую и женскую обнаженную натуру в разных позах. Это необходимый материал любого художника Возрождения, но для фанатиков Савонаролы это была чистая скверна, ведущая в ад.

Как выжили «Весна» и «Рождение Венеры»?
Эти работы находились не в самой Флоренции, а за городом, на вилле Медичи Кастелло. Руки инквизиторов Савонаролы просто туда не дотянулись.

Далее мне Gemini поведал то, что я не знал, и что я не могу изложить здесь по известным причинам.
Но вкратце:
В Европе XV века слово Florenzer (флорентиец) в немецком сленге было буквальным синонимом слова «...». ..., что городским властям пришлось создать специальный орган — «Офицеры ночи» (Ufficiali di Notte), который занимался исключительно расследованием этих дел.

Леонардо да Винчи в молодости дважды проходил по делам «Офицеров ночи». И сам Сандро Боттичелли в 1502 году (уже после смерти Савонаролы) получил анонимный донос, в котором обвинялся в том, что «...».

Гипотеза Gemini - гипотеза того, что сгорело:

В кострах Савонаролы погибли главные шедевры. Но это были не порнографические зарисовки и не наглые мальчишки в стиле Караваджо типа Амура-Победителя.

Боттичелли сжег картины, где мужская и женская нагота возводилась в ранг божества. Это могли быть монументальные сцены античных мифов — история Аполлона и Гиацинта, Ганимед, похищаемый Зевсом, или обнаженные вакханалии, написанные с той же грацией, что и «Весна». Для Савонаролы само философское равенство обнаженного языческого тела и христианской святости было ересью, заслуживающей костра.